조혈모세포이식의 종류는 환자의 질병과 공여자의 상태에 따라 결정된다. 또한 이식의 종류를 결정하려면 가족간의 ‘조직적합항원(HLA)' 검사를 시행해야 한다. 만약 가족 구성원 중 일치하는 사람이 없다면 자가이식 혹은 가족 내 불일치이식, 골수은행을 통해 공여자를 찾는 비혈연간조혈모세포이식, 제대혈을 통한 제대혈이식 등을 고려해야 한다.

1. 형제간 조혈모세포이식(HLA matched sibling HSCT)
   형제간의 조직적합항원이 일치하는 공여자가 있을 경우 형제로부터 골수를 기증 받는 경우를 말한다.
2. 비혈연간 조혈모세포이식(HLA matched Unrelated HSCT)
   가족 가운데 조직적합항원이 일치하는 공여자가 없거나 자가조혈모세포 이식이 불가능한 경우 골수은행협회에서 유전자가 일치하는 공여자를 찾아야 한다. 우리나라에는 한국골수은행협회와 가톨릭조혈모세포정보은행 2개의 기관이 있으며, 국내에 일치자를 찾을 수 없을 경우 일본 및 대만 골수은행협회를 통해서도 골수를 찾고 있다.
3. 가족 내 불일치 조혈모세포이식(HLA mismatched family HSCT)
   조직적합항원이 일치하는 공여자를 구할 수 없거나 자가이식 기준에 적합하지 않은 경우 유사한 가족간의 골수를 세포 처리과정을 거친 후 이식하는 기법이나 아직 보편화되지는 않았고 현재는 보험급여 대상에서 제외된다.
4. 제대혈 조혈모세포이식(Cord Blood HSCT)
   핵가족화, 골수기증 거부 등으로 공여자의 확보가 부족하게 되면서 최근 제대혈 조혈모세포이식에 대한 관심이 증가되고 있다. 제대혈 조혈모세포는 출산 후 태반과 탯줄에서 모아진다. 제대혈에서 추출한 조혈모세포의 양이 매우 적어 현재는 소아에게 주로 시행되고 있으며 성인에게는 아직 보편화되지 않고 있다.
5. 미니 이식(Non-Myeloablative Stem Cell Transplantation)
   미니이식은 이식의 최신 기법 중 하나로 표준이식에 비해 상대적으로 저용량의 항암제가 투여 된다. 일정기간 동안 환자의 신체 내에는 암세포와 그에 저항하는 공여자의 세포가 공존하게 된다. 이 기법은 고연령이거나 표준이식을 적용하기 어려운 환자 일부 혈액질환의 초기에도 적용이 가능하다.
6. 자가조혈모세포 이식 (자가이식, Autologous HSCT)
   환자 자신의 골수 및 말초 조혈모세포를 이용하는 것이며, 가능한 질병의 상태가 관해 상태에서 말초혈액이나 골수에서 조혈모세포를 채취한 뒤 냉동보관 후 이식시 재주입하는 것이다.